Metagenômica shotgun é a abordagem que sequencia todo o DNA presente em uma amostra ambiental, sem se limitar a um gene marcador. É o que a diferencia do sequenciamento por amplicon (16S para bactérias, ITS para fungos), que lê apenas uma região específica.
Amplicon: a lista de moradores
O amplicon amplifica um gene marcador e o sequencia para listar quais grupos estão presentes e em que proporção. É eficiente, econômico e excelente para descrever a composição de uma comunidade.
Shotgun: a lista de moradores e o que cada um faz
O metagenoma shotgun sequencia fragmentos de todo o DNA da amostra. Com isso, além de identificar os organismos com maior resolução, revela genes e funções — o potencial metabólico da comunidade inteira.
Tabela comparativa
| Critério | Amplicon (16S/ITS) | Shotgun |
| Pergunta respondida | Quem está presente | Quem está e o que faz |
| Resolução taxonômica | Gênero/grupo (em alguns casos a espécie) | Até espécie/cepa |
| Análise funcional | Sim (por predição) | Sim (por sequenciamento de genes e funções) |
| Custo relativo | Menor | Maior |
| Melhor para | Descrever composição | Entender função e potencial |
Quando escolher cada um
- Escolha amplicon quando o objetivo é mapear a composição da comunidade de forma eficiente.
- Escolha shotgun quando precisa de resolução fina e de entender as funções biológicas presentes.
No protocolo de metagenoma shotgun da GoGenetic, trabalhamos com cerca de 1 milhão de leituras por amostra, dimensionando o projeto conforme a complexidade do ambiente. E, como em toda análise, o entregável final é a interpretação — não apenas os arquivos.
Perguntas frequentes (FAQ)
O que é metagenômica shotgun?
É o sequenciamento de todo o DNA presente em uma amostra ambiental, sem se restringir a um gene marcador, permitindo identificar organismos e também analisar funções e genes da comunidade.
Qual a diferença entre shotgun e amplicon?
O amplicon lê um gene marcador para listar os organismos; o shotgun sequencia todo o DNA e revela, além da composição, o potencial funcional e maior resolução taxonômica.
Quando o shotgun vale mais a pena?
Quando a pergunta não é só ‘quem está presente’, mas ‘o que essa comunidade é capaz de fazer’, ou quando se exige resolução até espécie ou cepa.
Metagenoma e microbioma são a mesma coisa?
São relacionados: microbioma é a comunidade de microrganismos; a metagenômica é o conjunto de técnicas para estudá-la a partir do seu material genético, seja por amplicon ou por shotgun.
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